Nel lungo corridoio dopo l'entrata sono disposte alcune grandi pale d'altare manieriste e di periodo controriformato di pittori toscani, per lo più scelti tra gli artisti che lavoranono anche per la vicina chiesa di San Salvi. Qui il suo sciolto linguaggio formale, di una serenità narrativa quattrocentesca, si arricchisce delle sfumate atmosfere e degli stilismi che sono propri, rispettivamente, di Leonardo e Raffaello. Le gambe poi sono rivolte a sinistra mentre il volto dalla parte opposta. Iscritto all'Arte dei Medici e Speziali il 12 dicembre 1508, di quell'anno sono le prime opere, che s'ispirano direttamente ai pittori più familiari, a lui e all'amico Franciabigio, quali Fra Bartolomeo e Mariotto Albertinelli, unitamente allo studio di Raffaello: una Pietà della Galleria Borghese ha richiami a Fra Bartolomeo e la Madonna col Bambino di Palazzo Barberini aggiunge la sfuggente morbidezza di Leonardo; un'altra Madonna col Bambino, del 1509, mostra la solidità strutturale delle composizioni di Raffaello con una maggiore scioltezza e cordialità di rappresentazione. Oggi, pur con sostituzioni e riallestimenti, possiamo ammirare il frutto dell'ultima configurazione del museo risalente al 1981. Andrea, venuto al mondo sotto il segno dei creativi vincenti, compiuto già un percorso di rilievo, fu progressivamente spento, sempre secondo l’aretino, “da un desiderio d’un suo appetito che presto rincresce”. Fino al riordino della sala del 2018 al centro era presente il calco del Monumento funebre a Ilaria del Carretto di Jacopo della Quercia, donato da Lucca nel 1817 a seguito della restituzione di una lastra del monumento che era qui conservata. Scrisse Vasari: «fecevi ginocchioni due figure, una è Maria Magdalena con bellissimi panni, ritratta la moglie; perciò ch'egli non faceva aria di femmine in nessun luogo, che da lei non la ritraessi, e se pur avveniva che d'altri la togliessi, per l'uso del continuo vederla e dal tanto averla designata le dava quell'aria, non possendo far altro». Tali affreschi, descritti dal Vasari, mostrano un vivace gusto per il racconto, derivato dagli affreschi del Ghirlandaio nelle chiese di Santa Trinita e di Santa Maria Novella, ma rinnovati nel linguaggio, che mostra interesse verso le atmosfere leonardesche, e con ritmo più mosso e irrequieto. Il lavabo, in pietra serena, è costituito dalla vasca e da alcune decorazioni sovrastanti sempre in pietra, attribuite pure a Benedetto da Rovezzano, con un affresco della Samaritana al Pozzo opera del 1620 attribuito a Cosimo Gamberucci. Qui fece, oltre ad alcune opere perdute, la Carità, firmata e datata 1518, opera tipica della cultura fiorentina del tempo, con la costruzione a piramide e il plasticismo figurativo, ma dotata di una qualità pittorica gessosa, segno di una crisi che i contemporanei Rosso Fiorentino e Pontormo indirizzarono nelle deformazioni manieristiche. Dal 2017 vi sono inoltre raccolte tre lunette di Plautilla Nelli, monaca domenicana fiorentina considerata una delle prime pittrici note della storia. I frammenti sono disposti lungo le pareti. Come ritrattista ha lasciato lo Scultore (forse l'amico Jacopo Sansovino, 1524; Londra, National Gallery), il Ritratto di ragazza e l'Autoritratto degli Uffizi, opere nelle quali viene ripreso lo sfumato leonardesco. Se la monocromia trasmetteva una raffigurazione concepita come un bassorilievo, anche la Madonna delle Arpie degli Uffizi, del 1517, che pure ha evidenti riferimenti a Fra' Bartolomeo, richiamava l'immagine di una scultura. Invaghitosi della figlia di "povero e vizioso padre", Lucrezia di Baccio del Fede, residente in via San Gallo e già maritata a un berrettaio, appena essa divenne vedova la sposò, trascurando tanto l'arte quanto la sua famiglia e divenendo oltremodo geloso. È ancora di questo periodo la Disputa sulla Trinità della Galleria Palatina di Palazzo Pitti. Fra gli artisti presenti figurano il Franciabigio, Giovanni Antonio Sogliani, Michele di Ridolfo, Ridolfo del Ghirlandaio, Francesco Brina, Carlo Portelli, Raffaellino del Garbo, il Poppi, il Ceraiolo, il Bachiacca, Francesco Foschi, Giuliano Bugiardini e altri.